研究表明，溫度管理對有機肥發酵的速率和產品的質量有重要影響。溫度管理必須使有機肥原料的溫度保持在50~55℃以上5~7天，符合微生物無害化標準要求，是最重要的生產管理項目。

影響溫度管理的因素通常是通風和翻轉。有機肥原料的調節適用于放入發醇設施后，堆體溫度的變化可以通過通風和翻轉來控制。

根據不同的溫度，有機肥的發酵過程分為三個階段：低溫期、高溫期、減溫期（保溫期）。

低溫期，溫度為20℃--35℃左右。此時，中溫微生物繁殖旺盛，有機肥原料開始分解。分解過程中產生的熱量不斷提高有機肥發酵原料的堆積溫度，使發酵過程進入下一階段。

高溫期，溫度為40℃~70℃左右。此時，微生物菌群大量繁殖，大大加速了有機肥原料的分解發酵速度。在這個階段，原料中的幼蟲逐漸被殺死。隨著熱量的積累，當溫度超過70℃之后，低溫微生物細菌會死亡，高溫細菌的活性也會降低，發酵速度也會減慢。有機肥發酵原料一般堆放，避免溫度過高導致發酵速率減慢。

隨著發酵過程的結束，降溫期（保溫階段）。醇堆的溫度逐漸降低，直到略高于室溫，然后密封儲存。