有機肥在發酵過程中常用到的兩種方式。生產有機肥時所使用的原料發酵方主要有兩種，一種是好氧發酵，另一種是厭氧發酵。一般來說，在制肥料或基質時，好氧發酵其發酵強度和均勻程度均遠優于厭氧發酵。厭氧發酵是在特定的密閉條件下進行的，如，制作沼氣，或因高度缺氧，一些兼性微生物被迫厭氧發酵（特殊專性厭氧微生物除外）。好氧發酵條件要求相對較寬松，發酵較均勻，在發酵過程中可露天也可室內放置，發酵功能強大，產物外觀內質均優。